单位在开具证明时，如果档案不全，通常是可以加盖公章的。但需要注意的是，公章的使用需符合以下要求：
1. 合法性：单位公章必须是在工商行政管理部门注册登记时获得的，加盖公章的证明文件才具有法律效力。
2. 真实性：单位开具的证明内容应真实、准确、合法，不得虚假陈述或误导他人。
3. 权限范围：单位公章的使用应在法定授权范围内，不得超越权限范围加盖公章。
4. 审批流程：在开具证明时，应遵循单位内部的审批流程，确保证明文件的合法性和真实性。
5. 加盖公章的位置：公章应加盖在证明文件的正本和副本上，且位置明显、端正。
总之，在档案不全的情况下，单位可以开具证明并加盖公章，但需确保符合上述要求。为了确保证明文件的合法性和真实性，建议您在使用公章前咨询相关部门或专业律师，以确保合规。
档案上级单位接收是对单位的确认和认可。档案上级单位是指具有管理档案权力的机构，接收档案意味着该机构认为这些档案在内容和形式上都符合标准，并且可以为其所属单位提供必要的参考和保障。
接收档案，可以帮助单位更好地保管档案，同时也能加强档案的管理和利用，符合单位的长远利益。因此，档案上级单位接收是对单位的一种认可和支持。
档案不在人才市场或者人才证书网上，不一定就查不到。首先，要明确档案可能存放在其他地方，如户籍地的人力资源和社会保障局、原工作单位等。如果不知道档案具体在哪里，可以尝试联系这些地方查询档案。
同时，人才市场或人才证书网上的档案查询通常是针对已经将档案存放在这些地方的档案查询。如果档案在其他地方，或者没有按照规定办理转入手续，那么在人才市场或人才证书网上是查询不到的。
因此，如果档案不在人才市场或人才证书网上，不要轻易放弃查询。可以尝试多种途径，如直接联系相关机构、通过电话或网络查询等，以获取档案的具体信息。