门诊自费后是可以报销的。如果是基本医保，那么参保人自费之后还可以用医保进行报销。不过只能报销医保范围内的费用，一般需要参保人提供住院医疗费用清单、住院医疗费用发票、住院小结等资料给医保经办中心，工作人员审核通过，则可予以报销。
如果是自费结算的，可以保留挂号单，就诊单据，发票持本人社保卡，身份证，到当地的医保局走报销流程，起付线以上会给报销的。
带齐门诊报销所需资料到当地社保中心相关部门申请办理，经审核后，若资料齐全、符合条件就可以即时办理。
申请人办理门诊医疗费用报销时，要先扣除本社保年度内划入医疗保险个人账户的金额，再核定应报销金额。医疗保险一般指基本医疗保险，是为了补偿劳动者因疾病风险造成的经济损失而建立的一项社会保险制度。
门诊自费通常是指患者需要自己承担治疗费用，而新农合是一种医疗保险制度，用于报销参保人员在医院就诊的医疗费用。因此，门诊自费和新农合是两种不同的支付方式。一般情况下，门诊自费不可以直接使用新农合来报销费用。如果患者希望通过新农合来减轻门诊治疗的费用，需要提前在医院进行新农合报销手续的办理，具体操作规则可能会因地区和医院而有所不同，建议患者在就诊前咨询医院工作人员或者当地的新农合管理部门。