不会纳入房产税计算面积。
因为房产税是只针对所有权人拥有的自有住房进行征收，并且计算的是住房的建筑面积，而公寓通常是不属于所有权人的自有住房，只是以租赁或共有的方式享有使用权，所以不会被纳入房产税计算面积的范畴。
根据具体的情况和合同条款，公寓付了首付款是否可以退还是有所不同。一般情况下，购房首付款是购房者支付的购房款项的一部分，在购房合同中一般有关于首付款退还的约定。如果购房合同中有明确的退款条款，购房者可以根据合同的规定来申请退款。
然而，如果合同中没有明确约定或者约定模糊不清，购房者可能需要与开发商或房产中介进行协商和沟通，以了解是否有可能退还首付款。
公寓住宅40年，买二手房的产权是从开发商获得建房证时就开始计算产权年限，房子在谁家手上，产权年限是一样的，40年不变。