1.主体不同。三方协议书的主体是毕业生、用人单位和学校。而劳动合同只有劳动者和用人单位两个主体。
2.依据不同。三方协议书依据的是教育部颁发的部门规章，劳动合同依据的是《劳动法》和《民法典》。
3.内容差异。三方协议书可规定毕业生自身情况、就业意向、用人单位同意接收、学校派遣等，而在劳动合同中，依法必须明确劳动合同期限、工作内容等必备条款。
4.签订时期不同。三方协议诉一般在学生毕业前签订，正式签订劳动合同只有等到毕业后方可。
5.效力不同。三方协议书只是毕业生在“择业”过程中签订的协议，其效力始于签订之日，终于毕业生与用人单位签订劳动合同之时。劳动合同的有效期，是劳动者与用人单位以合同方式确定的，除法律规定的情形外，双方不得随意变更、中止。
三方协议可以到学校去补办，找就业指导中心的就业引导员，但是需要知道自己的编号，就可以补办。如果不知道编号，就比较麻烦。
至于报到证就比较麻烦一些，毕业生毕业当年将报到证遗失的，经由毕业生本人写检查，毕业生所在学校毕业生就业部门证明属实后，可为其补办报到证，须在报到证各注栏内注明"原证丢失，系补办"字样；毕业生在毕业后若干年发现档案中无报到证的，可以补办《关于遗失高校报到证的证明》，办理手续是，单位出具遗失报到证的证明，由学校主管就业部门填写《关于遗失高校报到证的证明》，并盖章，然后到市教委办理盖章手续。
第三方协议是指由两个或多个独立的实体签署的协议，其中至少一个实体不是协议的当事方。 例如，三方协议是由毕业生、用人单位和学校签署的就业协议书，明确了三方在毕业生就业工作中的权利和义务。