是的。并轨对灵活就业人员没有什么好处。主要影响机关事业单位工作人员和企业正式员工。
养老金并轨是要解决机关事业单位和企业员工养老制度的不同，让这两类不同性质的工作人员采取相同的退休养老金制度。
将来党政机关，事业单位建立于企业相同的基本养老金保险制度，实行单位和个人交费，改革退休费计发办法，从制度和机制上化解双轨制矛盾。
社保并轨指对机关事业单位工作人员实行和企业职工一样的基本养老保险。之所以叫并轨，是因为之前存在两个甚至多个轨道，将多个轨道的养老金计发的方式统一到一个轨道 上来。
在并轨之前实行的是双轨制，即是企业缴费，机关不缴费，到了退休的时候缴费者的退休金低，相比之下，不交费的反而比缴费的高出几倍。享受的条件和待遇支付的水平明显不在一个平台上。
因此，并轨后机关事业单位工作人员跟企业职工一样，按月缴纳基本养老保险费。等到了退休后，领取养老金计算方法与现行的企业职工基本养老保险一致。