古田红曲黄酒的酿造方法主要以糯米和红曲为原料，通过不同的工艺流程和不同时间段的人为控温发酵法进行。在红曲多种微生物及其酶的作用下，生成不同风味的系列红曲酒品种。此外，其制作过程中还需要使用诸如瓮、甑、篓等特制工具。

值得一提的是，酿造红曲酒的方法有多种，其中一种常被采用的方法是红曲加白曲拌饭直接发酵法，按这种方法酿出来的红曲酒在强光下呈上青下红的颜色，故被人们称为青红酒。

对于酿造的最佳季节，一般选在立冬至清明前后，此时室温约20度左右，适合酵母菌的生长和繁殖。太冷的时候不容易发酵而且需要加温，太热的时候发酵速度太快则容易发酸，可能影响最终的酒质。

另外，水质对酒的品质也有很大影响，酿造红曲酒最好是使用立冬后的深井水，因此也有人把红曲酒称为冬水酒。